Physical Modeling of Protein Folding

Summary, in Swedish

Popular Abstract in Swedish

Sekvensbaserade proteinveckningsmodeller utvecklas och testas på peptider med både betablad- och alfahelix-struktur, samt på små helix-proteiner. Modellernas potentialer är minimalistiska och baseras huvudsakligen på vätebindningar och effektiva hydrofobicitetskrafter. Den geometriska representationen av proteinkedjan är däremot detaljerad. Vi studerar det termodynamiska uppförandet med hjälp av effektiva Monte Carlo-metoder, och lägger tyngdpunkten på att uppnå en realistisk fysikalisk beskrivning av veckningsprocessen. Vi undersöker speciellt dynamiska aspekter av veckningen, som till exempel tvåtillståndsuppförande och bildandet av sekundärstruktur. I avhandlingen ingår dessutom ett arbete om likhetsmått för proteinstrukturer.

• Författare: Stefan Wallin
• Avdelning/ar: Beräkningsbiologi och biologisk fysik - Har omorganiserats
• Publiceringsår: 2003
• Språk: Engelska
• Dokumenttyp: Doktorsavhandling
• Förlag: Department of Theoretical Physics, Lund University
• Ämne: Biophysics
• Nyckelord: relativity; quantum mechanics; classical mechanics; three-helix bundle; similarity measure; Mathematical and general theoretical physics; protein dynamics; protein folding; two-state; Matematisk och allmän teoretisk fysik; thermodynamics; statistical physics; gravitation; klassisk mekanik; kvantmekanik; relativitet; statistisk fysik; termodynamik; Fysicumarkivet A:2003:Wallin
• Status: Published
• Handledare: [unknown] [unknown]
• ISBN/ISSN/Övrigt: ISBN: 91-628-5671-5
• Försvarsdatum: 4 juni 2003
• Försvarstid: 10:15
• Försvarsplats: Lecture Hall F, Dept. of Theoretical Physics
• Opponent: Cecilia Clementi