Största kartläggningen av mänskliga genvarianter

Det internationella projektet 1000 Genomes är den hittills största kartläggningen av mänskliga genvarianter i världen. Genom att skapa ett nytt dataprogram, har Mattias Möller bearbetat arvsanlagen från 2 504 personer. Han importerade dessa arvsanlag till sin nyutvecklade databas Erythrogene, och matchade dem mot tidigare kända genvarianter. Resultatet blev upptäckten av 1 000 tidigare okända mutationer som skulle kunna inverka negativt vid t ex blodtransfusioner.

- Det har aldrig tidigare genomförts någon världsomfattande kartläggning av blodgruppsgenerna hos friska individer. De flesta tidigare kända blodgruppsvarianter har upptäckts när t ex en blodtransfusion har misslyckats, när det alltså inte fungerat mellan donator och givare. Jag har istället utgått från generna, för att hitta variationer i DNA som skulle kunna ge upphov till ett nytt antigen*, vilka kan orsaka problem vid t ex en transfusion, förklarar Mattias Möller, doktorand vid Institutionen för laboratoriemedicin.

Felmatchning kan leda till döden
På den röda blodkroppens yta sitter proteiner och sockermolekyler, och små skillnader i dessa ger upphov till olika antigen. Att kunna identifiera och matcha blodgruppstyper är viktigt vid blodtransfusioner, men också vid graviditet och inför vissa typer av transplantationer. En transfusion med felmatchat blod kan leda till en transfusionsreaktion. En sådan reaktion kan vara mild och knappt märkbar, eller kraftig så att blodcellerna går sönder och i värsta fall slutar med att patienten dör.

Mattias Möllers studie visade att 89 procent av genuppsättningarna var kända sedan tidigare, men bland övriga 11 procent fanns totalt 1 000 olika mutationer som saknades i de officiella katalogerna över kända blodgruppsvarianter.

- Det är ju självklart inte alla varianter som leder till nya antigen. Man måste gå vidare och göra ytterligare analyser och undersöka hur genuttrycket förändras, dvs hur molekylerna på cellytan påverkas.

Oupptäckta antigen i Afrika
Det finns för närvarande 352 kartlagda antigen, men forskningen har hittills främst varit inriktad på populationer i västvärlden. Ett framtida forskningsfält är Afrika, där det är större variation mellan olika populationer. Efter hand som forskningen på afrikanska populationer ökar, i kombination med att blodtransfusioner blir allt vanligare där, kommer sannolikt en mängd nya antigen att upptäckas.

- I den nya databasen, som finns online, är det möjligt att studera en specifik blodgrupp och se i vilka världsdelar den förekommer. Det har varit otroligt spännande att kunna kombinera mina kunskaper som programmerare och forskare för att utforma den här databasen i ett format som är lätt att använda inom transfusionsmedicin. Nu kan forskare gräva djupare i resultaten, och det är även enkelt att utvidga databasen med andra gener eller data från nya stora genetiska kartläggningsprojekt, avslutar Mattias Möller.

Åsa Hansdotter