KEMM35. Kursens övergripande syfte är att studenten ska tillägna sig fördjupad förståelse av proteiner, med tonvikt på deras tredimensionella strukturer, strukturers koppling till biologisk funktion och hur dessa strukturer tas fram. Kursen behandlar såväl de principer som bestämmer proteiners egenskaper som de viktigaste experimentella metoder som används för att studera dessa inom modern molekylär proteinvetenskap, så som röntgenkristallografi, lågvinkelröntgenspridning och kryoelektronmikroskopi. Vidare beskrivs hur strukturell information om proteiner kan användas för att utveckla bättre läkemedel.

Kursinnehåll

Föreläsningar

• Polypeptiders konformation
• Proteiners sekundära och tredimensionella struktur, strukturklasser och strukturdatabaser
• Prediktion och modellering av proteinstruktur
• Proteiners stabilitet, dynamik och växelverkan
• Ligandbindning och strukturbaserad design av läkemedel
• Principer för röntgenkristallografi och andra metoder såsom t.ex. kryoelektronmikroskopi, lågvinkelröntgenspridning, neutronspridning

Laborationer och övningar

• Övningar i relevanta datorbaserade metoder för att studera proteinstrukturer och dynamik 
• Sökning i sekvens- och strukturdatabaser samt modellering av proteiner med okänd struktur
• Övningar i alla kritiska moment av en typisk strukturbestämning med röntgenkristallografi: kristallisation, datainsamling, databehandling, strukturbestämning, modellbyggande, förfining och validering
• Enklare övningar i övriga experimentella metoder. Ett antal övningar utförs som demonstrationer.