Meny

Javascript verkar inte påslaget? - Vissa delar av Lunds universitets webbplats fungerar inte optimalt utan javascript, kontrollera din webbläsares inställningar.
Du är här

Probalistic Methods In Genomic Data Analysis

Författare:
Publiceringsår: 2004
Språk: Engelska
Sidor:
Dokumenttyp: Doktorsavhandling
Förlag: Department of Theoretical Physics, Lund University

Sammanfattning

Popular Abstract in Swedish

Den nyligen utvecklade microarray-tekniken gör det möjligt att mäta mängden av mRNA för tusentals gener samtidigt. För att tolka dessa data krävs statistiska metoder och denna avhandling behandlar tre sådana. Den första metoden är utvecklad för att skilja ut de gener vars mRNAmängd är olika stor i olika vävnadstyper. Den andra metoden är avsedd för att analysera och beräkna statistisk signifikans för annoteringar av gener i samband med analys av microarray-data. Den tredje metoden har för ändamål att relatera microarray-data till tidigare biologisk kunskap om signalvägar i cellen. Metoderna appliceras på ett antal olika dataset. Med den första metoden studeras B cellsdifferentiering och de övriga två tillämpas på data för bröstcancer, coloncancer och leukemi.
In this thesis, three aspects of gene expression data analysis are discussed: Differential gene expression is addressed by a probabilistic method. Gene annotation enrichment analysis is discussed in the context of multiple hypothesis testing and the choice of null hypothesis. The possibility of inferring the activity of cellular signaling pathways from microarray data is explored. The methods developed are applied to various data sets. The method for differential gene expression is applied to aspects of B cell differentiation. The methods for annotation analysis and pathway activity inference are applied to data sets of breast cancer, colon cancer and leukemia.

Disputation

2004-12-17
10:30
LECTURE HALL F OF THE DEPARTMENT OF THEORETICAL PHYSICS
  • Steen Knudsen (Professor)

Nyckelord

  • Biophysics
  • pathway profiling
  • Bioinformatics
  • medical informatics
  • biomathematics biometrics
  • Bioinformatik
  • medicinsk informatik
  • differential gene expression
  • probabilistic methods
  • Natural science
  • Naturvetenskap
  • biomatematik
  • annotation analysis
  • microarray
  • Fysicumarkivet A:2004:Breslin

Övriga

Published
  • Carsten Peterson
  • ISBN: 91-628-6336-3

Box 117, 221 00 LUND
Telefon 046-222 00 00 (växel)
Telefax 046-222 47 20
lu [at] lu [dot] se

Fakturaadress: Box 188, 221 00 LUND
Organisationsnummer: 202100-3211
Om webbplatsen