Meny

Javascript verkar inte påslaget? - Vissa delar av Lunds universitets webbplats fungerar inte optimalt utan javascript, kontrollera din webbläsares inställningar.
Du är här

Modeling of Protein Folding and Genetic Networks

Författare:
  • Fredrik Sjunnesson
Publiceringsår: 2003
Språk: Engelska
Sidor:
Dokumenttyp: Doktorsavhandling
Förlag: Department of Theoretical Physics, Lund University

Sammanfattning

Popular Abstract in Swedish

Modeller för proteinveckning utvecklas och tillämpas på peptider och små proteiner som har både α-helix- och β-blad-struktur. Energifunktionerna, i vilka effektiva hydrofobicitetskrafter och vätebindningar är de två centrala termerna, är helt sekvensbaserade och har medvetet hållits enkla. Den geometriska representationen av proteinkedjorna är däremot detaljerad och har torsionsvinklar som frihetsgrader. Modellernas termodynamiska egenskaper studeras med hjälp av Monte Carlo-metoder och kvantitativa jämförelser med experiment görs. För att förbättra samplingen av kompakta tillstånd utvecklas en semilokal Monte Carlo-uppdatering som arbetar i torsionsvinklar längs proteinkedjans ryggrad. Dessutom studeras en enkel model för genetiska nätverk, Kauffman-modellen.
Models for potein folding are developed and applied to peptides and small proteins with both α-helix and β-sheet structure. The energy functions, in which effective hydrophobicity forces and hydrogen bonds are taken to be the two central terms, are sequence-based and deliberately kept simple.

The geometric representations of the protein chains are, by contrast, detailed and have torsion angles as the degrees of freedom. The thermodynamic properties of the models are studied using Monte Carlo methods and quantitative comparisons with experiments are carried out. To improve the sampling of compact states, a semi-local Monte Carlo update in the backbone torsion angles is developed. In addition, the thesis includes a study of a simple model for genetic networks, the Kauffman model.

Disputation

2003-10-03
13:15
Lecture Hall F, Dept. of Theoretical Physics
  • Ugo Bastolla

Nyckelord

  • Biophysics
  • Matematisk och allmän teoretisk fysik
  • thermodynamics
  • two-state folding
  • Protein folding
  • all-atom model
  • Mathematical and general theoretical physics
  • Kauffman model.
  • local update
  • Monte Carlo
  • classical mechanics
  • quantum mechanics
  • relativity
  • statistical physics
  • gravitation
  • klassisk mekanik
  • kvantmekanik
  • relativitet
  • statistisk fysik
  • termodynamik
  • Fysicumarkivet A:2003:Sjunnesson

Övriga

Published
  • [unknown] [unknown]
  • ISBN: 91-628-5783-5

Box 117, 221 00 LUND
Telefon 046-222 00 00 (växel)
Telefax 046-222 47 20
lu [at] lu [dot] se

Fakturaadress: Box 188, 221 00 LUND
Organisationsnummer: 202100-3211
Om webbplatsen