Modeling of Protein Folding and Genetic Networks

Summary, in Swedish

Popular Abstract in Swedish

Modeller för proteinveckning utvecklas och tillämpas på peptider och små proteiner som har både α-helix- och β-blad-struktur. Energifunktionerna, i vilka effektiva hydrofobicitetskrafter och vätebindningar är de två centrala termerna, är helt sekvensbaserade och har medvetet hållits enkla. Den geometriska representationen av proteinkedjorna är däremot detaljerad och har torsionsvinklar som frihetsgrader. Modellernas termodynamiska egenskaper studeras med hjälp av Monte Carlo-metoder och kvantitativa jämförelser med experiment görs. För att förbättra samplingen av kompakta tillstånd utvecklas en semilokal Monte Carlo-uppdatering som arbetar i torsionsvinklar längs proteinkedjans ryggrad. Dessutom studeras en enkel model för genetiska nätverk, Kauffman-modellen.

• Författare: Fredrik Sjunnesson
• Avdelning/ar: Beräkningsbiologi och biologisk fysik - Genomgår omorganisation
• Publiceringsår: 2003
• Språk: Engelska
• Dokumenttyp: Doktorsavhandling
• Förlag: Department of Theoretical Physics, Lund University
• Ämne: Biophysics
• Nyckelord: Matematisk och allmän teoretisk fysik; thermodynamics; two-state folding; Protein folding; all-atom model; Mathematical and general theoretical physics; Kauffman model.; local update; Monte Carlo; classical mechanics; quantum mechanics; relativity; statistical physics; gravitation; klassisk mekanik; kvantmekanik; relativitet; statistisk fysik; termodynamik; Fysicumarkivet A:2003:Sjunnesson
• Status: Published
• Handledare: [unknown] [unknown]
• ISBN/ISSN/Övrigt: ISBN: 91-628-5783-5
• Försvarsdatum: 3 oktober 2003
• Försvarstid: 13:15
• Försvarsplats: Lecture Hall F, Dept. of Theoretical Physics
• Opponent: Ugo Bastolla