Meny

Javascript verkar inte påslaget? - Vissa delar av Lunds universitets webbplats fungerar inte optimalt utan javascript, kontrollera din webbläsares inställningar.
Du är här

Physical Modeling of Protein Folding

Författare:
  • Stefan Wallin
Publiceringsår: 2003
Språk: Engelska
Sidor:
Dokumenttyp: Doktorsavhandling
Förlag: Department of Theoretical Physics, Lund University

Sammanfattning

Popular Abstract in Swedish

Sekvensbaserade proteinveckningsmodeller utvecklas och testas på peptider med både betablad- och alfahelix-struktur, samt på små helix-proteiner. Modellernas potentialer är minimalistiska och baseras huvudsakligen på vätebindningar och effektiva hydrofobicitetskrafter. Den geometriska representationen av proteinkedjan är däremot detaljerad. Vi studerar det termodynamiska uppförandet med hjälp av effektiva Monte Carlo-metoder, och lägger tyngdpunkten på att uppnå en realistisk fysikalisk beskrivning av veckningsprocessen. Vi undersöker speciellt dynamiska aspekter av veckningen, som till exempel tvåtillståndsuppförande och bildandet av sekundärstruktur. I avhandlingen ingår dessutom ett arbete om likhetsmått för proteinstrukturer.
Sequence-based models for protein folding are developed and tested on peptides with both alpha- and beta-structure, and on small three-helix-bundle proteins. The interaction potentials of the models are minimalistic and based mainly on hydrogen bonding and effective hydrophobicity forces. By contrast, the geometric representation of the protein chain is detailed. We explore the thermodynamic behaviors of these models by using efficient Monte Carlo methods, and focus on obtaining a realistic physical description of the folding process. In particular, we investigate dynamical aspects of folding, such as `two-state' behavior and secondary structure formation. In addition, the thesis includes a study on similarity measures for protein structures.

Disputation

2003-06-04
10:15
Lecture Hall F, Dept. of Theoretical Physics
  • Cecilia Clementi

Nyckelord

  • Biophysics
  • relativity
  • quantum mechanics
  • classical mechanics
  • three-helix bundle
  • similarity measure
  • Mathematical and general theoretical physics
  • protein dynamics
  • protein folding
  • two-state
  • Matematisk och allmän teoretisk fysik
  • thermodynamics
  • statistical physics
  • gravitation
  • klassisk mekanik
  • kvantmekanik
  • relativitet
  • statistisk fysik
  • termodynamik
  • Fysicumarkivet A:2003:Wallin

Övriga

Published
  • [unknown] [unknown]
  • ISBN: 91-628-5671-5

Box 117, 221 00 LUND
Telefon 046-222 00 00 (växel)
Telefax 046-222 47 20
lu [at] lu [dot] se

Fakturaadress: Box 188, 221 00 LUND
Organisationsnummer: 202100-3211
Om webbplatsen