Tekniken i sig är inte framtagen i Lund, men LTH och Lunds universitet är tidigt ute.
– Vi är en av de första i Europa som har köpt in den avancerade utrustning som krävs och har öppnat för användning av våra forskare, men även andra, vilket dockar in i LTH:s Open door-strategi där vi inte bara erbjuder forskare utan även företag möjlighet att använda våra faciliteter, säger Sara Ek, professor i Immunteknologi och ansvarig för den så kallade core-facilitet där utrustningen finns.
Som en slags molekylär GPS
Så gott som alla celler i kroppen samverkar med andra närliggande celler och med denna metod kan man färga in särskilt intressanta celler eller strukturer i vävnaden. Tekniken möjliggör en detaljerad kartläggning av de gener som används i en viss typ av cell eller vävnadsstruktur. Som en slags molekylär GPS. Därefter kan man välja just de regioner där man vill göra en djup analys av de proteiner eller RNA som används just i de valda cellerna.
Fullständig kartläggning
Tidigare har man kunnat titta på hur enstaka proteiner används i vävnad, men med spatialt guidad molekylär analys kan man studera vilka upp till 70-90 proteiner och 1800 olika mRNA-molekyler som finns i enskilda celler, vilket gör att man kan öka förståelsen på ett betydligt mer avancerat sätt.
Snart släpps även så kallade paneler för att studera 18 000 mRNA, vilket öppnar upp möjligheten att göra att en fullständig kartläggning av vilka gener som används i specifika typer av celler eller vävnadsstrukturer.
Genom att analysera transkriptomet i specifika regioner kan man dels ägna sig åt grundforskning inom cellbiologi och öka förståelsen av hur olika typer av vävnader fungerar, dels göra medicinsk forskning för att få fram nya behandlingar.
Förstå hur olika celler samspelar
Detta kan vara skräddarsydda individanpassade immunologiska läkemedel för sjukdomar som cancer, men även förbättrade behandlingar för diabetes, demenssjukdomar, inflammationer och hjärt-kärlsjukdomar.
– Tekniken gör det möjligt att förstå hur olika celler samspelar. Tidigare har man tagit ett vävnadsprov från patienten och sekvenserat hela blandningen av celler, eller färgat ett mindre antal, kanske 5-10 proteiner. Nu kan man analysera på djupet vad som händer i en specifik region och studera hur avståndet mellan olika celltyper påverkar deras funktion, vilket kommer att öka vår förståelse för hur mikromiljön påverkar olika sjukdomsförlopp, säger Sara Ek.
Läkemedel på individnivå
Själv forskar hon på B-cellslymfom och kan nu på ett nytt sätt studera hur cancer- och immunceller samverkar. Det kan göra det möjligt att förstå varför vissa patienter svarar väl på en behandling, och andra inte.
– Tekniken är viktig för att förstå det komplexa samspelet mellan cancer och kringliggande immunceller som påverkar hur olika läkemedel fungerar på individnivå.
En annan fördel är att metoden inte är destruktiv, det vill säga att vävnaden är intakt och därmed kan den användas igen för nya undersökningar.
Studien är publicerad i tidsskriften Nature Methods: Method of the Year: spatially resolved transcriptomics.
