Meny

Javascript verkar inte påslaget? - Vissa delar av Lunds universitets webbplats fungerar inte optimalt utan javascript, kontrollera din webbläsares inställningar.
Du är här

Thermodynamics of Protein Folding and Design

Författare:
  • Erik Sandelin
Publiceringsår: 2000
Språk: Engelska
Sidor:
Dokumenttyp: Doktorsavhandling
Förlag: Theoretical Physics, Lund University, Sölvegatan 14A, 223 62 Lund, Sweden

Sammanfattning

Popular Abstract in Swedish

Proteinvecknings- och proteindesign-problemen studeras med hjälp av modeller med låg upplösning och endast två typer av aminosyror, hydrofoba och hydrofila. Förutom hydrofoba krafter innehåller modellerna sekvensoberoende lokal växelverkan som visar sig ha stor påverkan på termodynamiken hos dessa modeller. Modellerna studeras med hjälp av dynamisk-parameter Monte Carlo-metoden. Vi utvecklar en Monte Carlo-algoritm för proteindesign baserad på denna metod. Vi testar också metodens användbarhet för ett annat svårt problem i beräkningsbiologi, sekvensrekonstruerings- problemet. Till sist studerar vi den statistiska fördelningen av hydrofobicitet, hos verkliga proteiner såväl som modellproteiner.
The protein folding and protein design problems are addressed, using coarse-grained models with only two types of amino acids, hydrophobic and hydrophilic. In addition to hydrophobicity forces, the models contain sequence-independent local interactions which are found to strongly influence the thermodynamics of these models. The models are studied using the dynamical-parameter Monte Carlo method. A Monte Carlo approach to protein design based on this method is developed, and the usefulness of the method for another difficult problem in computational biology, sequence assembly, is explored. Finally, the statistical distribution of hydrophobicity in real and model protein sequences is studied.

Disputation

2000-10-20
10:15
Sal F, Theoretical Physics
  • Hue Sun Chan

Nyckelord

  • Biophysics
  • protein folding
  • hydrophobicity
  • Monte Carlo
  • sequence analysis
  • sequence assembly
  • shotgun sequencing
  • Mathematical and general theoretical physics
  • classical mechanics
  • quantum mechanics
  • relativity
  • gravitation
  • statistical physics
  • Matematisk och allmän teoretisk fysik
  • thermodynamics
  • termodynamik
  • Fysicumarkivet A:2000:Sandelin
  • statistisk fysik
  • relativitet
  • protein design
  • klassisk mekanik
  • kvantmekanik

Övriga

Published
  • [unknown] [unknown]
  • ISBN: 91-628-4305-2

Box 117, 221 00 LUND
Telefon 046-222 00 00 (växel)
Telefax 046-222 47 20
lu [at] lu [dot] se

Fakturaadress: Box 188, 221 00 LUND
Organisationsnummer: 202100-3211
Om webbplatsen