Thermodynamics of Protein Folding and Design
Författare
Summary, in Swedish
Popular Abstract in Swedish
Proteinvecknings- och proteindesign-problemen studeras med hjälp av modeller med låg upplösning och endast två typer av aminosyror, hydrofoba och hydrofila. Förutom hydrofoba krafter innehåller modellerna sekvensoberoende lokal växelverkan som visar sig ha stor påverkan på termodynamiken hos dessa modeller. Modellerna studeras med hjälp av dynamisk-parameter Monte Carlo-metoden. Vi utvecklar en Monte Carlo-algoritm för proteindesign baserad på denna metod. Vi testar också metodens användbarhet för ett annat svårt problem i beräkningsbiologi, sekvensrekonstruerings- problemet. Till sist studerar vi den statistiska fördelningen av hydrofobicitet, hos verkliga proteiner såväl som modellproteiner.
Proteinvecknings- och proteindesign-problemen studeras med hjälp av modeller med låg upplösning och endast två typer av aminosyror, hydrofoba och hydrofila. Förutom hydrofoba krafter innehåller modellerna sekvensoberoende lokal växelverkan som visar sig ha stor påverkan på termodynamiken hos dessa modeller. Modellerna studeras med hjälp av dynamisk-parameter Monte Carlo-metoden. Vi utvecklar en Monte Carlo-algoritm för proteindesign baserad på denna metod. Vi testar också metodens användbarhet för ett annat svårt problem i beräkningsbiologi, sekvensrekonstruerings- problemet. Till sist studerar vi den statistiska fördelningen av hydrofobicitet, hos verkliga proteiner såväl som modellproteiner.
Publiceringsår
2000
Språk
Engelska
Dokumenttyp
Doktorsavhandling
Förlag
Theoretical Physics, Lund University, Sölvegatan 14A, 223 62 Lund, Sweden
Ämne
- Biophysics
Nyckelord
- protein folding
- hydrophobicity
- Monte Carlo
- sequence analysis
- sequence assembly
- shotgun sequencing
- Mathematical and general theoretical physics
- classical mechanics
- quantum mechanics
- relativity
- gravitation
- statistical physics
- Matematisk och allmän teoretisk fysik
- thermodynamics
- termodynamik
- Fysicumarkivet A:2000:Sandelin
- statistisk fysik
- relativitet
- protein design
- klassisk mekanik
- kvantmekanik
Status
Published
Handledare
- [unknown] [unknown]
ISBN/ISSN/Övrigt
- ISBN: 91-628-4305-2
Försvarsdatum
20 oktober 2000
Försvarstid
10:15
Försvarsplats
Sal F, Theoretical Physics
Opponent
- Hue Sun Chan